example.pri

# Example of a mixture Dirichlet prior
# A nine-component mixture for a K=20 letter amino acid alphabet
# The default mixture prior for HMMER3 match emissions.
# [Sjolander et al, 1996]
#

20      # alphabet size (number of Dirichlet parameters per component)
9       # number of mixture components

#  p_q      a_q1    a_q2   ...  a_qK
0.1780910 0.270671 0.039848 0.017576 0.016415 0.014268 0.131916 0.012391 0.022599 0.020358 0.030727 0.015315 0.048298 0.053803 0.020662 0.023612 0.216147 0.147226 0.065438 0.003758 0.009621
0.0565910 0.021465 0.010300 0.011741 0.010883 0.385651 0.016416 0.076196 0.035329 0.013921 0.093517 0.022034 0.028593 0.013086 0.023011 0.018866 0.029156 0.018153 0.036100 0.071770 0.419641
0.0960191 0.561459 0.045448 0.438366 0.764167 0.087364 0.259114 0.214940 0.145928 0.762204 0.247320 0.118662 0.441564 0.174822 0.530840 0.465529 0.583402 0.445586 0.227050 0.029510 0.121090
0.0781233 0.070143 0.011140 0.019479 0.094657 0.013162 0.048038 0.077000 0.032939 0.576639 0.072293 0.028240 0.080372 0.037661 0.185037 0.506783 0.073732 0.071587 0.042532 0.011254 0.028723
0.0834977 0.041103 0.014794 0.005610 0.010216 0.153602 0.007797 0.007175 0.299635 0.010849 0.999446 0.210189 0.006127 0.013021 0.019798 0.014509 0.012049 0.035799 0.180085 0.012744 0.026466
0.0904123 0.115607 0.037381 0.012414 0.018179 0.051778 0.017255 0.004911 0.796882 0.017074 0.285858 0.075811 0.014548 0.015092 0.011382 0.012696 0.027535 0.088333 0.944340 0.004373 0.016741
0.1144680 0.093461 0.004737 0.387252 0.347841 0.010822 0.105877 0.049776 0.014963 0.094276 0.027761 0.010040 0.187869 0.050018 0.110039 0.038668 0.119471 0.065802 0.025430 0.003215 0.018742
0.0682132 0.452171 0.114613 0.062460 0.115702 0.284246 0.140204 0.100358 0.550230 0.143995 0.700649 0.276580 0.118569 0.097470 0.126673 0.143634 0.278983 0.358482 0.661750 0.061533 0.199373
0.2345850 0.005193 0.004039 0.006722 0.006121 0.003468 0.016931 0.003647 0.002184 0.005019 0.005990 0.001473 0.004158 0.009055 0.003630 0.006583 0.003172 0.003690 0.002967 0.002772 0.002686